В 1999 году Временная комиссия по геральдике при администрации г. Ковылкино объявила конкурс на разработку эскиза герба города. В конкурсе приняли участие 18 человек. Лучшим был признан проект Геннадия Николаевича Устькина (в газете "Голос Примокшанья" инициалы ошибочно написаны "А.Н."). 14 сентября 1999 года Временная комиссия утвердила положение о гербе, а в октябре герб был утвержден Советом депутатов. Чуть позже автор добавил на рисунок детали крепления рельс к шпалам.

Символика герба отражает основные направления экономики и культуры города. Шестерня - промышленные предприятия по производству металлоизделий, золотой колос - пищевая и перерабатывающая промышленность, мастерок - предприятия строительного комплекса, железнодорожные пути - важность железной дороги для развития города, синяя полоса - река Мокша. Вверху мордовский национальный орнамент, символизирующий национальную культуру, флаги РФ и Мордовии - дружба между народами. Зеленый фон - наличие в городе предприятия лесной и деревообрабатывающей промышленности, желтый (золотой) - плодородные поля.

Также по информации Г. Устькина герб переутвержден в 2016 году.

Использованы материалы заметки Г. Устькина со ссылкой на газету "Голос Примокшанья", окт. 1999 г. в социальной сети "Одноклассники"

На сайте СОШ № 4 г. Ковылкино выложена исследовательская работа Анны Денисовой (рук. Т.И.Кокурина) "Герб города Ковылкино". В отличие от тысяч других школьников А. Денисова не стала скачивать работу из интернета, а действительно самостоятельно выполнила исследование, встретилась с автором герба, опросила его, получила архивные рисунки. Честь и хвала! Приводим один из эскизных проектов герба Ковылкино авторства Г. Устькина (из работы А.Денисовой). Поверх строительного мастерка художник изобразил элемент родового герба И.А. Арапова (арапчонка на лодке); дело в том, что прежнее название Ковылкино - Арапово. Поселением владели помещики Араповы, для развития поселка в свое время много сделал генерал-лейтенант Иван Андреевич Арапов.

--

В самом городе и на различных электронных ресурсах герб часто используется в несколько иной цветовой гамме: вместо зеленого поля - серое.

См. например, в Доску объявлений г. Ковылкино в сети "ВКонтакте", "Путеводитель по железным дорогам России. ст. Ковылкино", сайт Администрации Краснопресненского СП Ковылкинского района; такой же серо-золотой герб изображен на стенде "Почетные граждане Ковылкино".