Юдинский район Барабинского округа Сибирского края образован в 1925 году. В 1935 году райцентр переведен в с. Чистоозёрное, район переименован в Чистоозёрный. В 2004 году муниципальное образование "Чистоозерный район" получило статус муниципального района. В его составе созданы городское поселение "рабочий поселок Чистоозёрное" и несколько сельских поселений. Законом Новосибирской области от 03.03.2026 года на базе Чистоозёрного муниципального района образован Чистоозёрный муниципальный округ (с переходным периодом до 01.01.2031 г.).

Герб Чистоозерного района разработан Сибирской геральдической коллегией и утверждён Решением одиннадцатой сессии Совета депутатов Чистоозерного района первого созыва от 21 июня 2006 года. Герб внесен в Государственный геральдический регистр под №2441. Авторы герба: А.Ю.Журавков, А.В.Кошелев.

В лазоревом поле три летящие серебряные чайки (две и одна), сопровождаемые в оконечности тремя серебряными разновеликими поясами (верхним – узким, средним – равным по размеру двум верхним узким поясам и нижним – равным трем узким поясам. Щит может быть увенчан золотой территориальной короной установленного для муниципальных районов образца".

Использованы материалы сайта Сибирской геральдической коллегии; рисунок герба для "Геральдикума" подготовлен Ю.Калинкиным (г.Долгопрудный)