Андреевский район Славгородского округа Сибирского края впервые был образован в 1925 году. Затем упраздлянся, восстановлен в 1937 году, с 1944 года входит в Новосибирскую область. В 1946 году райцентр перенесен из с. Андреевка в с. Баган, соответственно и район переименован в Баганский. В 1963-65 гг район временно упразднялся. В 2004 году муниципальное образование "Баганский район" получило статус муниципального района. В его составе созданы несколько сельских поселений. Законом Новосибирской области от 03.03.2026 года на базе Баганского муниципального района образован Баганский муниципальный округ (с переходным периодом до 01.01.2031 г.).

Герб Баганского района утверждён Решением Территориального совета депутатов Баганского района от 23 декабря 2002 года, а затем повторно утверждён Решением № 14 Совета депутатов Баганского района от 29 декабря 2004 года (исправлен Решением Совета депутатов Баганского района от 26.05.2005 №43). Авторы: Саженина Елена Николаевна, Кошелев А. В., Журавков А. Ю. Герб внесён в Государственный геральдический регистр под № 1773 в феврале 2005 года. Согласно тексту Положения о гербе:

Версия описания 29.12.2004 г.: "В зеленом щите золотой безант (шар) с черной летящей уткой, сопровождаемый по бокам двумя золотыми стилизованными колосьями, поставленными в столб.

Версия описания 26.5.2005 г.

"2. Геральдическое описание и обоснование символики герба
2.1. Геральдическое описание герба Баганского района:
Герб Баганского района представляет собой геральдический щит, в зеленом поле которого золотой безант (шар) с черной летящей уткой, сопровождаемый по бокам двумя золотыми стилизованными колосьями, поставленными в столб.
2.2. Обоснование символики герба Баганского района:
Зеленый цвет - символ надежды, изобилия, возрождения, жизненных сил, олицетворяет Кулундинскую степь, на просторах которой раскинулся Баганский район.
Золотой шар солнце, дающее тепло и жизнь всему живому, в гербе символизирует радушие и гостеприимство жителей района.
Летящая утка символизирует природное своеобразие района, его бесчисленные озера, многие из которых соленые, а также говорит о названии района. "Баган" в переводе с тюркского обозначает "топкое место".
Золотые колосья на зеленом поле символизируют развитое земледелие, составляющее основу экономики района.
2.3. Автор герба - Саженина Елена Николаевна (с. Баган).
Геральдическая доработка герба и положения о гербе - Кошелев А.В., Журавков А. Ю. (г.Новосибирск)".

Использованы материалы сайта Сибирской геральдической коллегии; рисунок герба для "Геральдикума" подготовлен Ю.Калинкиным (г.Долгопрудный)