В конце 1990-х появился новый уровень административно-политического деления - "край" (мхаре). К краям (мхаре) приравнены столица республики город Тбилиси, автономная республика Аджария и автономная республика Абхазия (де-факто управляется правительством независимой Абхазии). Часть территорий краев Шида-Картли, Мцхета-Мтианети, Рача-Лечхуми и Квемо-Сванети и Имеретия также контролируются республиками Абхазия и Южная Осетия. В конце 2006 году все районы Грузии были переименованы в "муниципалитеты".

• город Тбилиси

• Автономная республика Аджария (адм. центр - Батуми)
  • Батуми (город)
  • Кедский муниципалитет (Кеда)
  • Кобулетский муниципалитет (Кобулети)
  • Хелвачаурский муниципалитет (Хелвачаури)
  • Хулойский муниципалитет (Хуло)
  • Шуахевский муниципалитет (Шуахеви)

• Автономная республика Абхазия
  • Сухуми
  • Гагрский муниципалитет
  • Гудаутский муниципалитет
  • Гульрипшский муниципалитет
  • Очамчирский муниципалитет
  • Гальский муниципалитет

С начала 1990-х фактический контроль над территорией Абхазии находился в руках самопровозглашенного правительства Абхазии. До вооруженного конфликта 2008 года под контролем грузинского правительства Грузии оставалось лишь Кодорское ущелье. В 2008 году независимость Республики Абхазия признана Российской Федерацией. Таким образом муниципалитеты на территории Абхазии существуют номинально.

• Кахетия (адм. центр - Телави)
  • Ахметский муниципалитет (Ахмета)
  • Гурджаанский муниципалитет (Гурджаани)
  • Дедоплисцкаройский муниципалитет (Дедоплис-Цхаро)
  • Кварельский муниципалитет (Кварели)
  • Лагодехский муниципалитет (Лагодехи)
  • Сагареджойский муниципалитет (Сагареджо)
  • Сигнахский муниципалитет (Сигнахи)
  • Телавский муниципалитет (Телави)

• Мцхета-Мтианети (адм. центр - Мцхета)
  • Душетский муниципалитет (Душети)
  • Казбегский муниципалитет (г.Степанцминда)
  • Мцхетский муниципалитет (Мцхета)
  • Тианетский муниципалитет (п.Тианети)
  • Ахалгорский муниципалитет - фактически контролируется правительством Республики Южная Осетия (см.), носит название Ленингорский район

• Квемо-Картли (адм. центр - Рустави)
  • муниципалитет Марнеули (Марнеули)
  • Болнисский муниципалитет (Болниси)
  • Дманисский муниципалитет (Дманиси)
  • Цалкский муниципалитет (Цалка)
  • Тетрицкаройский муниципалитет (Тетри-Цкаро)
  • Гардабанский муниципалитет (Гардабани)
  • город Рустави

• Шида-Картли
  • Горийский муниципалитет (Гори) - часть муниципалитета с селом Эредви контролируется правительством Республики Южная Осетия (см.)
  • Карельский муниципалитет (Карели) - часть муниципалитета с селом Тигуа контролируется правительством Республики Южная Осетия (см.)
  • Каспский муниципалитет (Каспи)
  • Хашурский муниципалитет (Хашури)

• Самцхе-Джавахети (адм. центр - Ахалцихе)
  • Адигенский муниципалитет (Адигени)
  • Аспиндзский муниципалитет (Аспиндза)
  • Ахалкалакский муниципалитет (Ахалкалаки)
  • Ахалцихский муниципалитет (Ахалцихе)
  • Боржомский муниципалитет (Боржоми)
    • п.Бакуриани
  • Ниноцминдский муниципалитет (Ниноцминда)

• Имеретия (адм. центр - Кутаиси)
  • Кутаиси (город)
  • Багдатский муниципалитет (Багдади)
  • Ванский муниципалитет
  • Зестафонский муниципалитет (Зестафони)
    • п.Шорапани
  • Самтредский муниципалитет (Самтредиа)
  • Сачхерский муниципалитет
  • Тержольский муниципалитет
  • Ткибульский муниципалитет (Ткибули)
  • Харагаульский муниципалитет (Харагаули)
  • Хонийский муниципалитет (Хони)
  • Цхалтубский муниципалитет (Цкалтубо)
  • Чиатурский муниципалитет

• Рача-Лечхуми и Квемо-Сванети (адм. центр - Амбролаури)
  • Амбролаурский муниципалитет (Амбролаури)
  • Лентехский муниципалитет (Лентехи)
  • Онский муниципалитет (Они)
  • Цагерский муниципалитет (Цагери)

• Гурия (адм. центр - Озургети)
  • Ланчхутский муниципалитет (Ланчхути)
  • Озургетский муниципалитет (Озургети)
  • Чохатаурский муниципалитет (Чохатаури)

• Самегрело - Земо-Сванети (адм. центр - Зугдиди)
  • Абашский муниципалитет (г.Абаша)
  • Зугдидский муниципалитет (г.Зугдиди)
  • Мартвильский муниципалитет (Мартвили)
  • Местийский муниципалитет (Местиа)
  • Сенакский муниципалитет (Сенаки)
  • Чхороцкуский муниципалитет (Чхороцку)
  • Цаленджихский муниципалитет (Цаленджиха)
  • Хобский муниципалитет (Хоби)
    • c.Кулеви
  • город Поти