Герб Шоинского сельсовета утвержден решением Совета депутатов МО "Шоинский сельсовет" от 27 мая 2010 года № 27 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6344. Описание герба:

"В лазоревом поле под серебряной главой, обремененной возникающим верхом лазоревого маяка с исходящими, в стороны расширяющимися и не доходящими до краев щита лучами - узкое стропило с перекрестьем на острие, сопровождаемое вверху безантом, по сторонам - сообращенно летящими косвенно вверх гусями (видимыми снизу), а внизу - ладьей с парусом, все фигуры серебряные".

Обоснование символики герба Шоинского сельсовета.
Герб Шойнинского сельсовета отражает исторические, экономические и природные особенности этого муниципального образования, в состав территории которого входят село Шойна и деревня Кия, расположенные за Полярным кругом. Населённые пункты возникли в устье одноименных тундровых речек впадающих в Белое море в двадцатых-тридцатых годах прошлого столетия. До этого здесь были лишь небольшие становища кочевых ненцев.
Административным центром Шоинского сельсовета является село Шойна.
Основные цвета герба (серебро и лазурь) символически отражают естественные цвета природы сельсовета: снежные просторы бескрайней зимней тундры, и цвет воды (Белого моря).
Геральдическая фигура стропило - аллегория ненецкого чума, символизирует национальные особенности поселения и его принадлежность к Ненецкому автономному округу.
Расположение Шоинского сельсовета за Полярным кругом символизирует серебряный диск зимнего солнца.
Летящие гуси - символ государственного природного заказника, расположенного между реками Шойна и Торна - места гнездования ценных и редких птиц Заполярья.
Лодка напоминает о временах, когда к причалам Шойны подходили иностранные суда плывшие к тому месту, где в амбаре купцы хранили свои товары. По одной из версий топоним "Шойна" связан с устаревшим немецким Scheune, что переводится как "амбар".
Маяк в гербе - это стилизованный образ действующего и в настоящее время Шойненского морского маяка. Маяк - символ надежды, предупреждения и сообщения.
Авторская группа:
идея герба: Людмила Коткина, Владимир Коткин (с. Шойна);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России

Решением Совета депутатов МО "Шоинский сельсовет" от 8 ноября 2010 года №49 в Решение о гербе от 27.05.2010 г. внесены некоторые изменения, не затронувшие внешнего вида и описания герба МО.