Датой возникновения Шебекино принято считать 1713 год, когда оно впервые было обозначено на российских картах. Свое название поселение получило по фамилии первого землевладельца, который поселил здесь своих крепостных и основал слободу - подполковника Ивана Дмитриевича Шибеко, бывшего одним из участников Полтавской битвы. В начале XIX века слобода Шебекина стала центром Шебекинской волости Белгородского уезда Курской губернии. В 1928 году в составе Центрально-Черноземной области (ЦЧО) был создан Шебекинский район с центром в поселке Шебекино. После раздела в 1934 году ЦЧО на Воронежскую и Курскую области Шебекинский район был включен в состав Курской области и в 1938 году Шебекино получило статус города. 6 января 1954 года г.Шебекино и Шебекинский район были переданы в состав новообразованной Белгородской области, где Шебекино получило статус города областного подчинения.

Использованы материалы Малой Советской Энциклопедии 2-го издания, справочника "СССР: Административно-территориальное деление союзных республик", М, 1987, официального сайта Администрации Белгородской области, сайта города Шебекино

Герб города утвержден исполнительным комитетом горсовета народных депутатов 23 мая 1986 года (решение №162)

В щите изображены книга, реторта, колос, половина зубчатого колеса на фоне расходящихся лучей солнца. В верхней части щита на красном фоне написано название города. В нижней части щита синее и красное поля.

Авторы герба - Г.В.Полухина и Т.Н.Сережникова

Использованы материалы книги Н.А.Соболевой "Гербы городов России"

Реторта в гербе символизирует Шебекинский химкомбинат, построенный в 1948-1953 годах на месте разрушенного сахарного завода "Профинтерн". На Шебекинском химкомбинате впервые в СССР стали производить синтетические жирозаменители - исходное сырье для производства мыла, различных синтетических моющих средств, а в последствии и для каучука, масел и смазок, парфюмерных и косметических препаратов.

Информация М.В.Ревнивцева (г.Энгельс)

На сайте студии "Лобачев" изображен такой "переходный" герб Шебекино. По данным В. Лобачёва этот вариант "временно использовался в конце 1990-х".

Современный герб Шебекино и Шебекинского района другой:

"В червленом (красном) поле золотая бревенчатая башня с закрытыми воротами и прапором, сопровождаемая по сторонам двумя серебряными подковами. В вольной части герб Белгородской области".

Герб утвержден решением Совета депутатов Шебекинского района и города Шебекино №8 от 26 января 2003 года. Авторы герба: Пальваль В.М., Пальваль С.В., Шаповалов В.А. Золотая башня символизирует ратные подвиги русских воинов по защите южных рубежей Русского государства со времен сторожевой и оборонительной службы на Нежегольском участке Белгородской черты в XVII веке до сражений на землях современного Шебекинского района в период Великой Отечественной войны. Две серебрянные подковы символизируют развитые в последние века на территории района земледелие и промышленность.

Использованы изображения гербов на сайте cтудии "Лобачев" "Герб.Бел.Ру. Гербы и символы Белгородской области" (с разрешения В.Лобачева);
см.также сайт города Шебекино

Можно предположить, что золотая башня в гербе олицетворяет ранее существовавший город-крепость Нежегольск, а подковы символизируют память о существовавшем в экономии "Фёдоровка" конезаводе и первой в России противосапной и противоящурной бактериологической ветеринарной станции. В IX веке н.э. на правом берегу реки Корень (вблизи современного села Крапивного) было основано укрепленное поселение, которое в XI веке превратилось в большой древнерусский город. Он относился к Черниговскому княжеству, затем к Новгород-Северскому княжеству. Город просуществовал до 1240 года, когда вместе со многими другими был разрушен во время монгольского нашествия на Русь. В 1654 году на месте пригорода современного Шебекино был построен город-крепость Нежегольск, который входил в Белгородскую оборонительную черту.

Использованы материалы Малой Советской Энциклопедии 2-го издания

Согласно областному закону в 2004 году МО "Шебекинский район и г.Шебекино" получило статус муниципального района и в его составе образованы городские и сельские поселения.

В апреле 2018 года Шебекинский район и город Шебекино преобразованы в муниципальное образование Шебекинский городской округ. При этом как административно-территориальные единицы сохранены и Шебекинский район и город областного подчинения Шебекино.