Герб Мышкина утвержден 20 июня 1778 года (закон №14765; 31 августа 1778) вместе с другими гербами Ярославского наместничества.

"В щите, имеющем зеленое поле, щиток надвое разрезанный: в серебряном поле герб Ярославский, в другой части в червленом поле мышка, доказывая название сего города".

Герб сочинен товарищем герольдмейстера фон Энденом.

Использованы материалы статьи О.Рево в журнале "Наука и жизнь" №10, 1978

Неутверждённый проект герба Мышкина (1863): "В зеленом щите серебряный в потоплении щит, в котором черная мышь. В вольной части герб Ярославской губернии, щит увенчан серебряной стенчатой короной и окружён золотыми колосьями, соединенными Александровской лентой.

Рисунок подготовлен для "Геральдикума" Ю.Калинкиным

Герб и флаг Мышкинского муниципального округа (они же герб и флаг города Мышкина) утверждены 30 мая 2002 года решением Собрания депутатов Мышкинского муниципального округа "О гербе и флаге Мышкинского муниципального округа" №17. Согласно тексту этого решения:

"Статья 2.
За основу герба Мышкинского муниципального округа взят герб, разработанный и утвержденный в 1778 году.
Герб представляет собой следующую композицию:
Французский щит (прямоугольный с малым заострением внизу) заполнен зеленой эмалью. В центре содержит французский щиток (малый щит), разделенный на две части: верхнюю и нижнюю часть щита в соотношении 4:3.
В верхней части, заполненной серебряной эмалью (белой краской), размещено победренное изображение медведя коричневого цвета с секирой на левом плече. Секира – золотой эмали. В нижней части на червленой эмали (ярко-красной краске) – серая мышка. Обе фигуры, если встать лицом к гербу, идут влево.
За щитом герба два золотых якоря накрест положенных, с золотыми дубовыми листьями, соединенными Александровской (алой) лентой.
Щит украшен золотой башенной короной с тремя зубцами и увенчан императорской короной, которые соединенные вместе составляют одну корону.
Допускается воспроизведение герба Мышкинского муниципального округа в многоцветном и упрощенном черно-белом варианте без императорской короны и внешнего обрамления герба, с башенной короной.
Герб Мышкинского муниципального округа одновременно является гербом г. Мышкина". "

Использованы материалы сайта Аналитического центра Администрации Ярославской области

Согласно новой редакции закона о местном самоуправлении был создан Мышкинский муниципальный район, в состав которого вошло городское поселение город Мышкин, а также сельские поселения Приволжское, Охотинское, Рождественское, Шипиловское.

Решением Собрания депутатов Мышкинского муниципального района Ярославской области от 28 декабря 2006 года №70 "О внесении изменений в решение Собрания депутатов Мышкинского муниципального округа от 30.05.2002 года N 17 "О гербе и флаге Мышкинского муниципального округа" герб бывшего Мышкинского муниципального округа был закреплён за Мышкинским муниципальным районом. Если раньше герб Мышкинского муниципального округа являлся одновременно и гербом города Мышкина, то с 2006 года этот герб закреплён исключительно за муниципальным районом. Для городского поселения город Мышкин решено разработать другой герб.

По сообщению М.В.Ревнивцева со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант"

Герб муниципального образования "город Мышкин" утвержден Решением Муниципального Совета городского поселения Мышкин от 20 февраля 2007 года №1. Официальное описание герба:

"Герб представляет собой следующую композицию:
Французский щит (прямоугольный с малым заострением внизу) заполнен зеленой эмалью. В центре содержит французский щиток (малый щит) разделенный на две части: верхнюю и нижнюю часть щита в соотношении 4:3.
В верхней части, заполненной серебряной эмалью (белой краской) размещено победренное изображение медведя коричневого цвета с секирой на левом плече. Секира - золотой эмали. В нижней части на червленой эмали (ярко красной краске) - серая мышка. Обе фигуры, если встать лицом к гербу, идут влево".

Использованы материалы сайта Администрации города Мышкина