В первой половине 2000-х годов в качестве эмблемы района использовалась композиция из колоса, полушестерни и пейзажного изображения.

Решением Совета депутатов Кыштовского района от 18 мая 2005 года №38 администрации района поручено организовать разработку герба и флага. Был объявлен конкурс, на который поступили проекты от 4 авторов Геральдической комиссией при администрации области за основу будущего герба был взят проект хуложника Д.А.Ерёмина. Доработку герба проводили А.В.Кошелев и А.Ю.Журавков.

Источник - "Официальные символы Новосибирской области и муниципальных образований, входящих в ее состав".

Герб Кыштовского района утверждён Решением Совета депутатов Кыштовского района № 91 от 18 августа 2006 года. Герб внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2437. Описание герба:

"Лазоревое и зеленое поле разделено положенной в правом нижнем углу серебряной девятилучевой звездой, имеющей лучи различной величины, из которых самый длинный положен в левую выгнутую перевязь. Поверх всего золотой лось с черными глазами, ноздрями и копытами. Щит может быть увенчан золотой территориальной короной установленного для муниципальных районов образца".

Звезда в гербе - условное изображение метеорита, благодаря которому образовалось озеро Данилово (Серебряное озеро).

Использованы материалы сайта Сибирской геральдической коллегии; рисунок герба для "Геральдикума" подготовлен Ю.Калинкиным (г.Долгопрудный)