До 2012 года Краснопахороское с.п. входило в состав Подольского района Московской области. С 1 июля 2012 года вступило в силу Соглашение об изменении границы между субъектами Российской Федерации городом Москвой и Московской областью от 29 ноября 2011 года. К Москве отошли 2 городских округа и 19 городских и сельских поселений на юго-западе Московской области. В том числе и Краснопахорское сельское поселение.

Герб сельского поселения утвержден Решением Совет депутатов муниципального образования Сельское поселение Краснопахорское №1/17 от 18 декабря 2007 года "О гербе муниципального образования сельское поселение Краснопахорское Подольского муниципального района Московской области". Герб внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3822. Согласно тексту Положения о гербе:

"3. Геральдическое описание и обоснование символики герба сельского поселения Краснопахорское
3.1. Геральдическое описание герба сельского поселения Краснопахорское гласит:
"В золотом поле червленая фигура, совмещенная из узкого волнистого пояса и пламенеющего солнца (без изображения лица)".
3.2. Герб сельского поселения Краснопахорское, в соответствии с Законами Московской области от 15 июля 2005 г. № 183/2005-ОЗ «О гербе Московской области» и от 10 марта 2006 г. № 30/2006-ОЗ «О внесении изменений в Закон Московской области «О гербе Московской области»», может воспроизводиться в двух равно допустимых версиях:
- без вольной части;
- с вольной частью (четырехугольником, примыкающим к верхнему правому углу щита с воспроизведёнными в нем фигурами герба Московской области);

3.3. Герб сельского поселения Краснопахорское в соответствии с протоколом заседания Геральдического совета при Президенте Российской Федерации от 23-24 марта 2005 г. № 24 пункт 8 может воспроизводиться со статусной короной установленного образца.
3.4. Обоснование символики герба сельского поселения Краснопахорское.
Сельское поселение Краснопахорское расположено на берегах реки Пахра. Красота здешних мест издавна перешла в название многих населенных пунктов, входящих в состав поселения. Это и центр поселения село Красная Пахра, и одноименная деревня, и село и поселок Красное. На Руси слово «красное» часто ассоциировалось не с самим цветом, а с «красотой», (сравните прилагательное «прекрасный, т.е. очень красивый»). В составе поселения – 20 населенных пунктов.
Все эти особенности поселения отражены в его гербе. В нем волнистый пояс символизирует реку Пахру, цвет фигуры герба символизирует красоту здешних мест, а 20 солнечных лучей символизируют 20 населенных пунктов объединенных в поселение. Красный цвет - символ мужества, жизнеутверждающей силы, красоты, праздника - является гласным символом названия поселения Краснопахорского.
Символика солнца многозначна. Как источник тепла, солнце символизирует жизненную силу, страсть, храбрость и вечную молодость. Как источник света, оно символизирует знания, интеллект. Лучи солнца на гербе поселения - аллегория «солнечного ветра» - символизируют открытость людей поселения, их желание нести тепло своих сердец всем гостям поселения, подобно тому, как солнечные лучи несут тепло Земле.
Золото – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
3.5. Авторская группа:
идея герба: Елена Гущина (Подольский район),
Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

Источник - http://www.podolskrn.ru/node/918

Этот же герб сохранился и после передачи поселения в состав Москвы (но убрана вольная часть с гербом Московской области). Это оформлено Решением Совета депутатов поселения Краснопахорское в городе Москве от 21 июня 2018 года № 1/86 "Об официальном символе (гербе) поселения Краснопахорское в городе Москве"

По сообщению В. Пермякова