Флаг Фонталовского сельского поселения утверждён Решением Совета Фонталовского сельского поселения Темрюкского района II созыва от 30 августа 2010 года №67. Согласно тексту Положения о флаге Фонталовского сельского поселения Темрюкского района Краснодарского края:

"2. Геральдическое описание и обоснование символики герба Фонталовского сельского поселения
2.1. Геральдическое описание герба Фонталовского сельского поселения гласит:
"В лазоревом поле, вписанное опрокинутое золоте острие, обремененное бьющим из оконечности фонтаном о шести струях в цвет поля".
2.2. Обоснование символики герба Фонталовского сельского поселения.
Композиция герба Фонталовского сельского поселения указывает на природные, географические особенности муниципального образования. Деление поля герба на голубые и золотую части образно показывают северную и южную границы сельского поселения, которые проходят по берегам Темрюкского и Таманского заливов Азовского моря. Сочетание золотых и голубых частей символизируют природные богатства края: золото – символ урожая, плодородия, стабильности, солнечного света и тепла благоприятного для виноградарства; голубой цвет – символ морских просторов, обильных рыбой. Золото это также цвет песка фонталовских пляжей, привлекающих массу приезжих своим уютом и комфортом.
Фонтан символизирует известный с древних времен источник пресной воды, столь редкий для этих мест. Во многом благодаря наличию пресной воды эти места были освоены человеком несколько тысячелетий назад.
Фонтан в гербе гласно отражает название станицы и всего поселения, делая композицию герба гласной.
2.3. Авторская группа:
идея герба: Совет Фонталовского сельского поселения
геральдическая доработка: Константин Мочёнов (Химки), Анатолий Раков (Краснодар);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Совет Фонталовского сельского поселения, Кирилл Переходенко (Конаково).
2.4. Герб Фонталовского сельского поселения может воспроизводиться в многоцветном и одноцветном равнодопустимых вариантах. Герб Фонталовского сельского поселения в одноцветном варианте может воспроизводиться с шафировкой (условной штриховкой для обозначения цветов).
2.5. Герб Фонталовского сельского поселения в соответствии с Методическими рекомендациями по разработке и использованию официальных символов муниципальных образований (Раздел 2, Глава VIII, п.п. 45-46), утвержденными Геральдическим советом при Президенте Российской Федерации 28.06.2006 года может воспроизводиться со статусной короной установленного образца.
2.6. Рисунки герба Фонталовского сельского поселения в многоцветном и одноцветном вариантах приводятся в Приложениях 1-6 к настоящему Положению, являющихся неотъемлемыми частями настоящего Положения".

Материалы сайта Фонталовского с.п. (http://www.adm-fontalovskaya.ru)

Герб внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6468.