Весной 1999 года администрация района объявила конкурс эскизов эмблемы района. Лучшим был признан проект В.П. Золотухина. Принадлежность к Томской области олицетворяет конь на зеленом фоне. В щите изображен контур карты Бакчарского района, поверх нее изображены пшеничные колосья и веточка жимолости. Над щитом лента с надписью "Томская область", внизу – "Бакчарский район". По сторонам щита пшеничные колосья, свидетельствующие, что главная отрасль экономики района – сельское хозяйство.

По материалам сайта Бакчанского района (2011)

Новый герб Бакчарского района утвержден Решение Думы Бакчарского района № 959 от 4 декабря 2020 года:

В зеленом поле серебряная перевязь, обремененная положенной сообразно перевязи зеленой ветвью жимолости, с лазоревыми вытянутыми плодами, и сопровождаемая сверху слева золотым колосом, положенным в перевязь, а снизу справа – окаймленными серебром тремя черными брусками, сложенными в пирамиду, над которыми – чёрный равносторонний треугольник, также окаймленный серебром. В вольной части у верхнего правого угла – фигура из герба Томской области. Щит увенчан муниципальной короной установленного образца.
Герб может воспроизводиться как в полной версии (полный герб – с муниципальной короной и вольной частью), так и в сокращенных версиях (только с короной, только с вольной частью, или в виде гербового щита без короны и вольной части); все версии герба равноправны и имеют одинаковый статус.

Герб языком аллегорий символизирует исторические, природные и хозяйственные особенности Бакчарского района, административным центром которого является с. Бакчар.
Первые поселения на территории современного Бакчарского района возникли в середине XIX века. Они являлись местами пребывания старообрядцев, которые искали глухие леса, чтобы спастись от преследований. Лес с самого начала освоения территории кормил первых переселенцев – старообрядцев – поселившихся здесь в середине XIX века.
Места оказались благоприятными: реки богаты рыбой, в лесах водилось много промыслового зверя и птицы, а также ягод, грибов, кедрового ореха. Зеленый цвет поля щита символизирует, что и поныне 2/3 территории района покрыты лесами.
Ветка жимолости является символом расположения района в таежной зоне Сибири.
Жимолость синяя (лат. Lonicera caerulea) – один из широко распространенных на территории района диких плодоносящих таежных растений.
Колос свидетельствует, что главная отрасль экономики района – сельское хозяйство, в т.ч. зерноводство.
Прямоугольные бруски, сложенные в пирамиду, и треугольник символизируют минеральные богатства, залежи которых обнаружены на территории района – торфа и железной руды. В их числе Бакчарское и Парбигское месторождения железистых и оолинитовых руд. При этом Бакчарское железорудное месторождение является одним из крупнейших проявлений железной руды в России. Большая часть территории района богата и месторождениями торфа. Всего в районе выделено 58 торфяных месторождений.
Вольная часть (прямоугольник у верхнего угла щита) с фигурой белого коня символизирует принадлежность Бакчарского района к Томской области.
Применённые в гербе цвета в геральдике обозначают:
– Зелёный цвет (зелень) – символ весны, радости, надежды, жизни, здоровья, изобилия, природы, лесов и земледелия, молодости, самой жизни.
– Жёлтый цвет (золото) символизирует богатство, справедливость, стабильность, уважение, великодушие.
– Белый цвет (серебро) – цвет совершенства, благородства и веры. Кроме того, серебро отображает суровый (холодный) сибирский климат.
– Черный цвет (чернь) – символ благоразумия, мудрости и свободы.
– Синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности и добродетели, а также цвет водных объектов и чистого неба.

Герб внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13498.

По материалам геральдического архива В. Маркова (г. Санкт-Петербург)