Герб муниципалитета Болниси утвержден решением №155 от 27 июля 2007 года. В червленом поле серебряный уширенный ("болнисский") крест в серебряном же кольце. Щит увенчан трехбашенной стенчатой короной. В отличие от гербов других муниципалитетов название "Болниси" написано на серебряной ленте под щитом герба на древнегрузинском алфавите "асомтаврули".

Использована прорисовка Александра Микаберидзе (http://georgianheraldry.blogspot.com/)